Unblock It 3D: Atlantis es un juego de lógica y puzzle similar a Unblock It, Let the Train Go, Save Stranding Fish y Sort My Parking Lot. El objetivo del jugador es eliminar bloques cuadrados y rectangulares del campo de juego antes de quedarse sin movimientos. También intentan ganar monedas, mariscos, potenciadores y cofres.
En cada nivel, el juego presenta bloques en un patrón que flota delante de uno de los muchos fondos submarinos diferentes que incluyen columnas rotas y estatuas de la mÃtica ciudad perdida, casas hechas de conchas marinas y viejos naufragios de madera. Los bloques presentan iconos de dirección temáticos que incluyen flechas y puntas de lanza.
El jugador sólo puede dirigir los bloques desbloqueados para que se deslicen fuera del campo y de la pantalla. A veces, deben dirigir uno o más bloques a una posición de bloqueo para abrir un camino despejado.
Unblock It 3D: Atlantis proporciona útiles potenciadores. Por ejemplo, el jugador puede usar un botón marcado con dos flechas para cambiar las direcciones de apuntado de todos los iconos. Pueden usar bombas para eliminar bloques aleatoriamente. Cuando se les acaban los potenciadores, utilizan sus ganancias de monedas de oro con relieve de tridente o ven vÃdeos publicitarios para adquirir más.
El juego ofrece al jugador recompensas diarias que incluyen monedas y potenciadores. Al séptimo dÃa, el jugador puede abrir un cofre del tesoro. Dicho esto, el juego también proporciona un cofre que contiene monedas y potenciadores cuando el jugador completa un número determinado de niveles.