Seat Jam 3D es un juego de clasificación que requiere que el jugador clasifique a los pasajeros de los vagones de tren en sus asientos correctos a través de los niveles. El jugador recibe un número limitado de pasos para completar esta tarea, como se muestra en la parte superior de la pantalla bajo el número de nivel. Cuando tienen éxito, reciben múltiples opciones para recoger las monedas que necesitan para actualizar los senderos que corren detrás de los pasajeros a diferentes colores y formas.
El jugador recibe acceso a una vista de arriba hacia abajo de un vagón de tren que tiene pasajeros sentados de color verde y rojos sentados y de pie. Utilizan la letra y el número que aparecen en la parte superior de la cabeza de cada pasajero rojo y los números de los bordes del vagón para sentar a cada uno correctamente.
Para que este proceso funcione, es posible que el jugador tenga que mover a otros pasajeros sentados o de pie a nuevas posiciones. El juego confirma la colocación correcta poniendo en verde a los pasajeros rojos. Si el jugador quiere realizar acciones especiales, como intercambiar las posiciones de dos pasajeros con un solo paso, puede acceder a los potenciadores de la parte inferior de la pantalla a través de las vistas de anuncios.
Seat Jam 3D ofrece al jugador tres cofres misteriosos y monedas al final de cada nivel. El jugador también puede recoger monedas aceptando bonificaciones diarias.
Si al jugador no le importa ver vÃdeos publicitarios, puede conseguir un montón de extras, como 2.000 monedas gratis en la pantalla de inicio, recompensas de tareas diarias accesibles a través del icono Quest de la misma pantalla, multiplicadores de cualquier ganancia de monedas e incluso cofres misteriosos extra y pistas especiales para correr. Si se les acaban los pasos, también pueden revivir su juego en lugar de reiniciar el nivel con una vista de anuncio.
