Toma el control de la panadería en Puppy Cupcake haciendo una variedad de magdalenas y otras delicias. Durante el juego, el jugador mezcla todos los ingredientes de uno en uno antes de hornearlos. Una vez que salen del horno, se pueden decorar.
Cada ingrediente está en la mesa y etiquetado. Una flecha muestra qué ingredientes hay que añadir primero al bol. Arrastrar los ingredientes al cuenco es a veces lento, pero se vierten en el cuenco bastante rápido después de arrastrarlos desde la mesa. Los primeros niveles de Puppy Cupcake incluyen ingredientes y recetas básicas. A medida que el juego avanza, se añaden más sabores y se dispone de más decoraciones para que los cupcakes tengan un aspecto más singular. Se muestra cada paso del proceso de mezcla, vertido y horneado para que los cupcakes no se quemen. Se pueden recortar decoraciones de la masa para ponerlas encima de las magdalenas, y también se puede utilizar glaseado de colores. Algunas de las instrucciones no son claras, por lo que es difícil saber cómo enrollar la masa para hacer algunas de las decoraciones. A lo largo del juego, se pueden ganar premios por mezclar ingredientes, hornear y decorar. Hay tres cupcakes para elegir, cada uno con un diseño diferente.
