Pop Puzzle es un juego de clasificación con un componente de explosión. En un vasto océano, el jugador debe clasificar y hacer saltar discos de colores presentados en pilares blancos en pilas de colores mezclados. Deben reventar todos los discos antes de quedarse sin movimientos.
El juego muestra el número de movimientos en la zona superior central sobre el océano. Las pilas son diferentes en cada nivel. En un nivel, puede que el jugador sólo tenga que ordenar dos colores en dos pilas. En otro nivel, puede que tenga que apilar seis o más colores en tres o más pilas.
El jugador crea minipilas que contienen tres o más discos iguales. A veces, la fuerza del estallido provoca una reacción en cadena. Por ejemplo, cuando tres discos iguales saltan en una pila, uno o más discos de colores iguales en la parte superior de otra pila pueden saltar también. Además, si el jugador hace saltar una minipila que tiene encima discos que no coinciden, también pueden saltar uno o más discos que caen por el hueco sobre discos inferiores que coinciden.
Las reglas de Pop Puzzle no están grabadas en piedra. La fuerza de explosión y cualquier reacción en cadena posterior pueden hacer que salten discos al azar en cualquier pila. Incluso si una reacción en cadena no hace saltar los discos, el juego ofrece tres herramientas para facilitar la acción de saltar.
Debajo de los pilares, el jugador puede usar las opciones de reproducción aleatoria, bomba y pista si ve anuncios. También pueden usar las vistas de anuncios para continuar con cinco movimientos adicionales cada vez que se les acabe y fallen un nivel.