Mysterious Pirate Jewels 3 es un juego de Match 3 cronometrado y de tipo conectar que presenta una cuadrÃcula de hexágonos. A lo largo de 45 niveles, el jugador conecta y suelta joyas, también conocidas como hexágonos, de la cuadrÃcula en grupos para romper y eliminar fondos de colores. Sus objetivos principales son ganar puntos estándar y de bonificación a través de partidos antes de que acabe el tiempo y completar todos los niveles.
En lugar de utilizar un número limitado de lÃneas de conexión, el jugador conecta tres o más joyas iguales con flechas de colores en cualquier dirección. Cuando el jugador completa una combinación, el juego hace que los hexágonos coincidentes desaparezcan en forma de destellos y, a continuación, rellena los espacios vacÃos de la cuadrÃcula con nuevos hexágonos. Elimina inmediatamente cualquier color de fondo rosa de la cuadrÃcula. Con cualquier otro color, como el azul, sólo elimina el color superior. El jugador debe realizar otra coincidencia para eliminar el rosa.
Mysterious Pirate Jewels 3 carga varios potenciadores en la esquina inferior derecha tras completar cada partida. El jugador puede utilizar una flecha hacia atrás para deshacer su último movimiento. Con el tiempo, el mismo botón se transforma en dos flechas que barajan las fichas. También pueden arrastrar un martillo a la cuadrÃcula para liberar joyas coincidentes y no coincidentes.
Durante la partida, el juego también llena espacios con objetos especiales, como hexágonos ovalados con los colores del arco iris que actúan como comodines para emparejar cualquier joya, una bola ovalada brillante de color claro que actúa como un rayo para eliminar todos los hexágonos que coincidan con su color y un reloj de arena que añade más tiempo al reloj.