Merge Jewels es un juego de emparejar fichas que consiste en colocar joyas de colores sobre fichas redondas. El jugador debe seleccionar tres o más joyas iguales conectadas para eliminarlas del campo de juego lo más rápido posible. Su objetivo es conseguir una puntuación alta antes de que las acciones del juego le obliguen a quedarse sin movimientos.
El juego presenta las fichas de joyas mezcladas en filas. A medida que pasa el tiempo, empuja nuevas filas al campo automáticamente desde la parte inferior. El jugador sólo puede eliminar fichas seleccionando una de un grupo de tres o más. A diferencia de muchos juegos populares de Match-3, el jugador puede seleccionar grupos en formaciones no lineales. Por ejemplo, puede seleccionar un grupo con dos fichas en una fila y una ficha adyacente en la fila superior o inferior. Al principio, el juego ofrece una pista sobre los grupos válidos mediante cÃrculos blancos sobre las fichas iguales.
Merge Jewels también proporciona al jugador potenciadores automáticos. De vez en cuando, mezcla botellas tipo poción entre las fichas de joyas. Estas botellas realizan un montón de tareas diferentes. Una botella redonda con un lÃquido del color del arco iris actúa como una bomba. Una botella con un color de lÃquido elimina todas las fichas del campo que coincidan con el color. Una botella con dos flechas semicirculares intercambia algunas fichas al azar. Los copos de nieve de las botellas congelan todas las acciones.
Si el jugador toca sólo una o dos fichas, pierde puntos. El juego muestra la pérdida como un número rojo negativo. Si el jugador permite que las fichas se deslicen hasta la parte superior del campo, recibe un primer aviso de sacudida de fichas. Si tarda demasiado en eliminar las fichas inferiores iguales para que las superiores vuelvan a bajar al campo, todas las fichas empiezan a volverse grises y el juego termina.