Mayan Mystery Mahjong es un juego de emparejamiento de fichas que comparte elementos con el popular juego de fichas de mesa de China conocido como Mahjong. El juego muestra capas de fichas apiladas en diferentes formaciones en un campo de juego con temática de selva. En lugar de mostrar las clásicas fichas de hueso o marfil con imágenes de piedras o puntos, bambú o caracteres chinos, el Mahjong Misterioso Maya muestra fichas de piedra con imágenes de elementos comúnmente asociados a la cultura maya, la selva y los pueblos que la visitan, como flechas, arcos, dardos, tambores, frascos, piedras preciosas, cuernos, joyas, cuchillos, máscaras, ollas, iconos religiosos, pergaminos, esculturas, símbolos y herramientas. Para progresar en el juego, el jugador debe eliminar todas las fichas del campo de juego de un nivel antes de que un temporizador haga una cuenta atrás hasta llegar a cero y, a continuación, superar nueve niveles en total. A medida que el juego avanza, aumenta su dificultad añadiendo nuevas imágenes y colocando objetos similares o colores de objetos muy próximos. En la parte derecha de la pantalla, el jugador puede comprobar su número de nivel actual, la puntuación etiquetada con piedras preciosas y un temporizador digital con temática de reloj de sol. También puede pausar el juego, desactivar el sonido, volver a la pantalla de inicio o utilizar una herramienta de pistas.