Mayan Marbles es un juego de explotar burbujas ambientado en zonas que antaño fueron gobernadas por la civilización maya. A lo largo de 25 localizaciones que incluyen pueblos, templos, selvas y rÃos, el jugador intenta eliminar las canicas de burbujas fijadas a un poste central acentuado con una máscara dorada antes de que se le acabe el tiempo. También intentará ganar puntos extra además de los normales.
El poste gira en diferentes direcciones con las canicas fijadas a él como si fuera una rueda. El jugador utiliza un estilizado lanzador de flechas metálico sobre una plataforma de piedra para disparar proyectiles de canicas iguales al patrón. Sólo pueden disparar grupos de tres o más canicas iguales. Si fallan, el juego espera hasta que una barra roja horizontal pierde color y entonces coloca más burbujas en la rueda. Cuando tienen éxito, las burbujas estallan para liberar humo de colores que luego se desvanece.
Mayan Marbles muestra la barra roja de penalización, el nivel actual y la puntuación actual del jugador en un panel de madera pegado a una columna de piedra a la derecha del campo. También utiliza esta zona para mostrar la cuenta atrás del temporizador hasta llegar a cero.