Maya Bubbles es un juego de explotar burbujas que cuenta con 120 niveles repartidos en tres mapas de jungla y otros entornos. Los objetivos del jugador son eliminar las canicas de burbujas de las cajas de seguridad doradas flotantes, conseguir una puntuación alta y desbloquear todos los niveles.
El jugador lleva a cabo estas tareas utilizando una máscara como tirador. Disparan proyectiles de canicas iguales a las canicas pegadas a las cajas de cerraduras para formar grupos de al menos tres del mismo tipo (es decir, color y dibujo). La máscara contiene un proyectil en la parte superior de la cabeza y otro en la boca en todo momento. El jugador puede intercambiar los proyectiles cuando necesite uno con un color que combine mejor con las canicas adjuntas.
A diferencia de otros juegos similares, Maya Bubbles no cronometra al jugador. En su lugar, aplica las reglas de match-3 y restringe el número de movimientos por nivel. El jugador hace un seguimiento de sus movimientos restantes en la parte inferior izquierda del tirador. Cuando realiza un emparejamiento, las canicas saltan enérgicamente. Cuando termina de eliminar todas las canicas, la caja de seguridad flota hacia abajo, se abre y revela la clave para el siguiente nivel.
