Logic Balls es un juego de explotar burbujas. En un campo de juego de color azul claro situado entre barras laterales de color azul oscuro, el jugador dispara proyectiles desde un tirador a las bolas situadas en filas que cuelgan de la parte superior del campo para reventar las bolas y ganar puntos. El jugador intenta conseguir una puntuación alta mientras evita que las bolas se deslicen demasiado cerca del fondo del campo.
El juego ofrece un lanzador de flechas largas y un único proyectil para cada disparo. No ofrece una vista previa del siguiente proyectil ni una lÃnea de punterÃa. El jugador utiliza la punta de la flecha para apuntar. A continuación, dispara el proyectil a dos o más bolas conectadas que coincidan con él. Las bolas se hinchan y estallan en salpicaduras de color. Las bolas conectadas que no coincidan también estallan.
Logic Balls desliza las filas de bolas por la pantalla a intervalos aleatorios. El jugador debe disparar a menudo para evitar el final del juego. Una forma en que pueden acelerar el juego es disparando proyectiles a las paredes para hacerlos rebotar en ángulos hacia las bolas coincidentes que cuelgan más arriba en el campo.
Dicho esto, el jugador debe tener cuidado. Los proyectiles pueden clavarse en las bolas de la izquierda y la derecha más allá de las paredes laterales y fuera de la parte visible del campo. Además, cualquier proyectil disparado al techo del campo puede rebotar en él, caer al suelo, rebotar de nuevo y pegarse a las filas en cualquier punto.