Jewel Garden Story es un juego de tres en raya con un tema de renovación de jardines. En un sinuoso camino de escalones, el jugador completa juegos de tres en raya a lo largo de innumerables niveles en jardines. Tras cada éxito, aparecen nuevas flores y otros objetos cerca del jardÃn más cercano, como jardineras, arbustos en flor, plantas en macetas, carretillas y bancos de madera.
Las joyas del juego son diferentes formas hechas de piedras preciosas o conchas. Las formas incluyen una luna creciente blanca, una corona dorada, una cuenta circular bicolor azul y una hoja verde. El jugador realiza tareas alineando tres o más formas iguales en una columna o fila. Una tarea puede consistir en recoger un número determinado de joyas especÃficas u objetos cercanos, como tartas, parches de hierba o cajas de regalo.
El jugador también puede crear útiles potenciadores que eliminan las joyas no coincidentes con un solo movimiento haciendo coincidir cuatro o más joyas a la vez. Por ejemplo, pueden crear una variedad de cohetes y bombas. También pueden comprar y ganar potenciadores.
Jewel Garden Story proporciona al jugador monedas diarias extra de forma gratuita. También pueden ganar premios en metálico y potenciadores a través de la rueda del jardÃn de la suerte. Al final de una partida, pueden multiplicar sus ganancias con una vista de anuncios. Por último, el juego ofrece bonificaciones de ataque de tiempo y ganancias.