Hexa Master 3D: Sort Puzzle es un juego de clasificación con un componente de construcción. El jugador construye hermosas escenas en pequeñas islas flotantes con coloridas fichas de madera en forma de hexágono llamadas hexas que recoge mediante acciones de clasificación. Reorganizan pilas de fichas de colores mezclados en una cuadrÃcula para crear nuevas pilas que contengan fichas de colores combinados.
El jugador recibe un conjunto de tres pilas a la vez. Mueven las fichas a los espacios de la cuadrÃcula en posiciones que permitan que las fichas superiores se giren automáticamente a fichas de colores iguales en la parte superior de las pilas adyacentes. Siguen colocando pilas hasta que reúnen suficientes fichas, según lo determinado por un objetivo que se muestra en el área superior izquierda junto a una ficha con rayas de arco iris.
Hexa Master 3D: Sort Puzzle ofrece cuatro potenciadores. El jugador puede usar un mazo para eliminar cualquier pila, un guante para intercambiar dos pilas, flechas dobles para barajar pilas no colocadas con otras nuevas y una bomba para despejar tanto una pila seleccionada como otras en un radio a su alrededor. También pueden abrir más espacios con vistas publicitarias.
El componente de construcción no implica fusiones en un escenario de artesanÃa. En su lugar, el jugador utiliza las fichas recogidas para autoconstruir los retiros de las islas flotantes. En el momento de escribir esto, los retiros incluyen el Pabellón Real, el JardÃn Zen, el Campo de Flores, la Cabaña Sakura y el Hogar Champiñón. Los desarrolladores del juego añaden otros nuevos de vez en cuando.
El juego también permite al jugador desbloquear aleatoriamente nuevos fondos con monedas. Se ganan monedas adicionales viendo anuncios y recogiendo recompensas diarias y de tareas, logros y cofres del tesoro.
