Halloween Merge es un juego de fusión de temática misteriosa que incluye elementos sobrenaturales. Después de que una joven llamada Chloe encuentre y use una reliquia familiar, se ve transportada a un mundo extraño donde existen la magia y lo sobrenatural. El jugador intenta ayudarla a navegar por sus responsabilidades familiares con la esperanza de escapar de este mundo y volver al suyo. Sólo pueden ayudarla completando tareas de fusión y renovación.
Chloe se entera de que la mansión mágica de su familia necesita desesperadamente una renovación. Sin embargo, ella no tiene las herramientas, la energÃa o el dinero para realizar cada tarea. El jugador genera objetos a partir de cajas de herramientas. A continuación, fusiona los objetos para crear otros nuevos. Los objetos incluyen artÃculos de limpieza, herramientas de jardinerÃa y semillas, polvo mágico y pociones, materiales de construcción en bruto y enteros, y decoraciones.
Después de que el jugador use un objeto para completar parte de la renovación, recibe estrellas, monedas, energÃa y objetos adicionales. A veces también reciben piedras preciosas y cajas de regalo como recompensa.
Halloween Merge proporciona al jugador varias misiones secundarias. Por ejemplo, la tÃa de Chloe ha desaparecido de la zona. El jugador debe ayudar a Chloe a encontrar el libro de hechizos de la familia para buscar pistas sobre su tÃa. Al final, el juego desbloquea un escenario en el pueblo que continúa la historia y también el juego de fusión.