Flipper Dunk 3D es un juego deportivo tridimensional que combina baloncesto y pinball. El campo de juego tiene la forma de una máquina de pinball y presenta un fondo azul oscuro, un marco de madera y una única aleta grande. Una canasta de baloncesto cuelga del lado izquierdo, encima de la aleta. El objetivo del jugador es demostrar sus habilidades para encestar balones de baloncesto y lanzar el pinball encestando un balón en la canasta en cada nivel. El jugador debe tener paciencia y una excelente coordinación ojo-mano para conseguirlo. Si la pelota cae por debajo de la aleta, hay que volver a empezar. Afortunadamente, el juego no les penaliza de ninguna manera. Simplemente no pasan al siguiente nivel hasta que completan el tiro.
Cuando lo hacen correctamente, una multitud aplaude, aparecen estrellas, cae confeti por la pantalla y el aro y la red se mueven a una nueva posición. El jugador recibe gemas azules. También pueden multiplicar sus ganancias viendo un anuncio. Pueden usar las gemas para desbloquear diseños aleatorios y únicos para la pelota y el flipper.
La mecánica de Flipper Dunk 3D puede frustrar a algunos jugadores. Por ejemplo, la pelota puede atascarse entre el extremo derecho de la aleta y el marco de madera. El jugador debe mover la aleta rápidamente hacia arriba y hacia abajo para desalojar la pelota y ayudarla a rodar hacia el extremo izquierdo. Esta versión de Flipper Dunk tampoco permite jugar con el teclado. Como resultado, el jugador debe hacer clic o tocar la pantalla con precisión para que el flipper funcione correctamente.
