Crystal Fairy es un juego de puzles de tres en raya contrarreloj ambientado en un mundo en el que crecen diferentes tipos de cristales en cuevas y en la superficie. A lo largo de 25 niveles, el jugador ayuda al Hada de Cristal a hacer crecer criaturas mágicas recogiendo cartas de animales en tableros llenos de joyas de colores. También intentan conseguir una puntuación altÃsima.
El jugador solo puede proporcionar esta ayuda mediante el juego de intercambio match-3. Intercambia dos joyas que no coincidan para crear una lÃnea horizontal o vertical de al menos tres joyas iguales con un solo movimiento. Cada intercambio les ayuda a deslizar piezas de una carta de animal, similares a piezas de puzzle, por columnas hasta el final del tablero. A continuación, el juego mueve las piezas a un panel superior izquierdo para reformar la tarjeta.
Deben completar todas las tareas antes de que el temporizador de la zona inferior izquierda llegue a cero. El jugador también puede llevar la cuenta de su puntuación en esta misma zona.
Crystal Fairy tiene oportunidades de juego de poder. Cuando el jugador elimina el mismo color de joyas dos veces en una racha no interrumpida, el juego activa poderes útiles usando cristales cargados que aparecen en la zona superior derecha. Los cristales verdes eliminan tres joyas del tablero al azar, los cristales morados eliminan cinco en forma de más, los cristales amarillos añaden tiempo extra, los cristales azules eliminan una joya debajo de una ficha y los cristales rojos eliminan nueve.
