Color Sort Puzzle es un juego de clasificación. A lo largo de los niveles de juego cronometrado o no cronometrado, el jugador clasifica fluidos de colores en frascos de tubos de ensayo. Su objetivo es clasificar todos los fluidos de modo que cada frasco contenga un color de fluido y ganar puntos junto a los corazones rojos en la parte superior central de la pantalla. También pueden ganar más puntos con un multiplicador y acceder a útiles herramientas especiales viendo vÃdeos publicitarios.
En el modo cronometrado, el jugador intenta clasificar y llenar tantos frascos como sea posible a través de los niveles dentro de un tiempo asignado de un minuto mientras gana tiempo extra jugando rápidamente. Pierden la partida cuando ya no pueden ganar tiempo suficiente para completar un nivel. En el modo niveles, clasifican las bandas de lÃquidos de colores a su propio ritmo.
Color Sort Puzzle proporciona varias herramientas para ayudar al jugador. Pueden deshacer sus movimientos hasta cinco veces con una flecha hacia atrás en la parte inferior central de la pantalla. Pueden añadir frascos adicionales al campo de juego. También puede saltarse un nivel con el botón de la flecha derecha. Si se les acaban estas oportunidades, pueden gastar 500 puntos de corazón o ver vÃdeos publicitarios para recibir más.
El juego también les permite usar sus puntos de corazón para mejorar los frascos a diferentes tamaños y estilos de recipientes y cambiar el tema de fondo. El juego comienza con un cielo nocturno de fondo. El jugador puede mejorarlo, por ejemplo, a uno diurno azul brillante con nubes.