Cafe 3 in a Row es un juego de tres en raya con un tema de historia oculta. Un jugador debe completar cada nivel eliminando pilas de fichas. Las fichas aparecen sobre un fondo blanco decorado con plantas y flores flotantes. Cada ficha muestra un elemento que suele encontrarse en cafeterÃas y restaurantes, como un racimo de plátanos, una cabeza de col, una zanahoria, una corona de coliflor, un racimo de uvas, una cebolla, una naranja y un tomate. A diferencia de muchos juegos similares comunes, el jugador se enfrenta a pocas restricciones. No pueden eliminar fichas en sombras ni colocar fichas en la barra si está llena. Por lo demás, puede seleccionar cualquier ficha que no esté en una sombra.
El jugador recibe potenciadores que le ayudan a encontrar fichas iguales y a corregir errores, incluyendo potenciadores que deshacen la última reubicación de una ficha en la barra, hacen coincidir tres fichas automáticamente y reordenan las fichas para encontrar coincidencias más rápidamente. Cuando el jugador gana un determinado número de niveles, recibe un trofeo de ganador antropomórfico marcado con una cara sonriente y potenciadores gratuitos. El jugador también puede recibir potenciadores viendo anuncios.
La historia de Cafe 3 in a Row tiene un elemento único. El jugador debe jugar un número desconocido de niveles para desbloquear imágenes en un área separada que revelan el verdadero propósito del juego y una historia especial.