Bubble Shooter Hexagon es un juego cronometrado de disparar burbujas de temática prehistórica. Cerca de un lago crepuscular en un valle formado por altos acantilados, entre escarpadas paredes rocosas y un puñado de abetos y otros árboles, el jugador utiliza un lanzador de flechas formado con un trozo de alambre para disparar proyectiles en forma de hexágono y con dibujos a hileras de burbujas. Su objetivo es formar grupos de tres o más del mismo tipo. En 48 niveles, intentan conseguir la mayor puntuación antes de que se agote el tiempo del reloj o las burbujas se deslicen hasta el fondo.
Las brillantes burbujas hexagonales no estallan inmediatamente. En su lugar, cuando el jugador crea un grupo, todas las burbujas iguales disminuyen de tamaño, se rompen para convertirse en otras más pequeñas y luego desaparecen. Pueden disparar directamente a las filas o utilizar las paredes laterales difÃciles de ver para disparar en ángulo. Además, pueden eliminar las burbujas no coincidentes creando un racimo conectado a las no coincidentes. Esta maniobra de avalancha elimina múltiples burbujas hexagonales coincidentes y no coincidentes en un solo disparo.
Bubble Shooter Hexagon recompensa al jugador con puntos de bonificación estándar y de tiempo. Con la bonificación de tiempo, reciben 10 puntos por cada segundo que quede al final de un nivel. Por ejemplo, si le quedan 14 segundos, recibirá 140 puntos. Dicho esto, si no consiguen superar el nivel a tiempo, deberán ver un vÃdeo publicitario para continuar o empezar de nuevo por completo.