Bubble Shooter Arena es un juego de explotar burbujas que utiliza la popular mecánica de Zuma. También incluye un elemento competitivo. En una región árida y desértica, el jugador destruye trenes sobre vÃas formadas por bolas de burbujas rodantes mientras pasa junto a estructuras antiguas y abrevaderos. El jugador intenta conseguir el mayor número posible de puntos y monedas, asà como logros especiales. En los niveles de jefes, también intentan batir los tiempos de otros jugadores y escalar posiciones en las tablas de clasificación.
El jugador recibe una rana tiradora y un punto de mira en forma de cruz que le permite realizar disparos de precisión. En el tirador, reciben un proyectil principal de bola de burbujas en la boca de la rana y otro secundario en su cabeza. Para no desperdiciar nunca un disparo, pueden intercambiar estos dos proyectiles en cualquier momento. Si no hay ninguna coincidencia en el tren, también pueden disparar un proyectil a un lado lejos de él.
El juego sólo permite al jugador hacer estallar grupos de tres o más bolas de burbujas iguales que incluyan el proyectil. Cuando estalla un grupo, las bolas de burbujas que tiene delante suelen dejar de rodar hacia delante. Si las bolas de esa mitad coinciden con la parte delantera de la mitad trasera, el juego hace rodar la parte delantera hacia la trasera y revienta automáticamente las burbujas coincidentes conectadas.
Bubble Shooter Arena termina el juego si el jugador permite que el tren llegue a un portal giratorio al final de la pista. Dicho esto, ayuda al jugador a reventar las bolas de burbujas más rápido con potenciadores. Con monedas o anuncios, el jugador puede usar bombas negras explosivas y bolas de fuego, cohetes a toda velocidad y copos de nieve que detienen el tiempo.