Bird Sort Puzzle es un juego de clasificación que presenta pájaros y ramas en lugar de bolas y tubos de ensayo de laboratorio. Al jugador se le presentan grupos mixtos de pájaros de colores, como cacatúas, loros y tucanes, posados en ramas en un paraje tropical montañoso. El jugador debe ordenar los pájaros por tipo, con un solo tipo por rama. El juego cuenta con cientos de niveles que desafÃan al jugador con complicados arreglos de pájaros.
Al igual que en los juegos de ordenar bolas, el jugador selecciona y mueve los pájaros para crear grupos emparejados. Pueden mover un pájaro o varios del mismo tipo que estén descansando uno al lado del otro en una rama. Si el jugador se queda sin espacio para mover los pájaros, debe reiniciar el nivel o intentar utilizar varias herramientas que el juego proporciona para ayudarle a ganar, incluyendo una flecha hacia atrás que sirve como botón de deshacer y una herramienta de rama con un signo más que le da una rama vacÃa extra.
Bird Sort Puzzle también ofrece una herramienta de pistas marcada con una bombilla que el jugador puede utilizar antes de que se le acaben los movimientos. Cuando el jugador crea con éxito todos los grupos, los pájaros vuelan en diferentes direcciones en sus grupos.