Ball Sort Puzzle es un juego de clasificación que requiere que el jugador utilice sus habilidades de razonamiento deductivo para determinar los pasos correctos a seguir para clasificar las bolas por color en tubos de ensayo de laboratorio a través de cientos de niveles. Los tubos de ensayo cuelgan en el primer plano de una escena nocturna al aire libre.
El jugador sólo puede mover una o varias bolas a un tubo que tenga suficientes espacios vacÃos y una bola del mismo color. Cada vez que clasifican un color de bolas, un tubo de ensayo dispara confeti de colores. Si se quedan sin espacios vacÃos, pueden quedarse atascados. Cuando sólo tienen que ordenar bolas de un color restante, el juego las ordena automáticamente.
Ball Sort Puzzle cuenta con varias herramientas diseñadas para ayudar al jugador a ordenar de forma más rápida y eficiente. Ofrece un botón de deshacer marcado con una flecha hacia atrás y un botón de pista marcado con una bombilla. También ofrece al jugador la opción de añadir un tubo de ensayo adicional al campo de juego, pero el jugador debe ver un anuncio para utilizar la herramienta.
El juego no cuenta con un temporizador, pero dificulta el proceso de clasificación de otras maneras. A medida que el jugador avanza por cada nivel, el juego empieza a mezclar bolas de tonos ligeramente diferentes de cada color. El jugador tampoco puede usar la opción de la probeta extra si usa un bloqueador de anuncios.