Water Drop Sort ist ein Wassersortierspiel im Stil eines Getränkespiels. Der Spieler sortiert Bänder aus sprudelndem, farbigem Wasser in Flaschen, um einfarbige, sprudelnde, verkorkte Getränke zu kreieren. Weitere Ziele sind das Verdienen von Münzen, das Öffnen von Geschenkboxen, hohe Platzierungen in einer globalen Rangliste, das Gewinnen von Leistungsmedaillen und das Freischalten neuer Level.
Der Spieler erhält eine Vorschau auf die Getränke im oberen linken Bereich unterhalb der Münzbank. Er sortiert das Wasser, indem er jeweils einen farbigen Streifen Flüssigkeit in eine leere Flasche oder in eine Lücke über einem gleichfarbigen Streifen schüttet. Wenn sie aus einer Flasche schütten, die mehr Flüssigkeit enthält als in einer Lücke Platz ist, teilt das Spiel die Flüssigkeit auf beide Flaschen auf.
Obwohl das Spiel dem Spieler durch goldene blinkende Pfeile vorgibt, wo er einschenken kann, muss er seine Züge mehrere Schritte planen, bevor er mit dem Sortieren des Wassers beginnt. Andernfalls könnte es passieren, dass ihm der Platz ausgeht. Das Spiel erlaubt es aber auch, auf leere Flaschen zuzugreifen und sie wieder einzubauen sowie vorherige Züge rückgängig zu machen.
Water Drop Sort bietet Geschenkbelohnungen und neue Spielmöglichkeiten, nachdem der Spieler eine bestimmte Anzahl von Levels abgeschlossen hat. Zum Beispiel schaltet der Spieler schließlich ein Rätselspiel frei, bei dem er einen Streifen Flüssigkeit ausgießen muss, um die Farbe eines Streifens zu enthüllen, der hinter schwarzer Farbe und weißen Fragezeichen versteckt ist. Außerdem kann der Spieler mit goldenen Ringen markierte Gläser aufbewahren, die es ihm ermöglichen, Flüssigkeiten vorübergehend zu lagern, die andere Bänder blockieren.