Unblock It 3D: Atlantis ist ein Logik-Puzzlespiel zum Sortieren von Blöcken, ähnlich wie Unblock It, Let the Train Go, Save Stranding Fish und Sort My Parking Lot. Das Ziel des Spielers ist es, quadratische und rechteckige Blöcke vom Spielfeld zu entfernen, bevor er keine Züge mehr hat. Außerdem versucht er, Münzen, Muscheln, Booster und Truhen zu verdienen.
In jedem Level zeigt das Spiel Blöcke in einem Muster, das vor einer von vielen verschiedenen Unterwasser-Kulissen schwimmt, darunter zerbrochene Säulen und Statuen der mythischen verlorenen Stadt, Häuser aus Muscheln und alte hölzerne Schiffswracks. Die Blöcke sind mit thematischen Richtungssymbolen versehen, darunter Pfeile und Speerspitzen.
Der Spieler kann nur die nicht blockierten Blöcke so steuern, dass sie vom Spielfeld und vom Bildschirm weggleiten. Manchmal muss er einen oder mehrere Blöcke in eine blockierende Position lenken, um einen freien Weg zu schaffen.
Unblock It 3D: Atlantis bietet hilfreiche Booster. So kann der Spieler zum Beispiel mit einer Schaltfläche, die mit zwei Pfeilen markiert ist, die Richtungen aller Symbole ändern. Er kann Bomben benutzen, um Blöcke zufällig zu entfernen. Wenn er keine Booster mehr hat, kann er seine mit einem Dreizack geprägten Goldmünzen verwenden oder Werbevideos ansehen, um weitere zu erwerben.
Das Spiel bietet dem Spieler tägliche Belohnungen in Form von Münzen und Boostern. Am siebten Tag kann der Spieler eine Schatztruhe öffnen. Außerdem bietet das Spiel eine Truhe, die Münzen und Booster enthält, wenn der Spieler eine bestimmte Anzahl von Levels abschließt.
