UFO Puzzle ist ein Sortierspiel mit Match-3-Regeln. Das Ziel des Spielers ist es, Pinguine in passende Sets zu sortieren, um Gitter abzuräumen und Hämmer zu verdienen, mit denen sie Gegenstände auf schwimmenden Landmassen bauen können.
Das Spiel gliedert sich in drei Minispiel-Sub-Levels pro Level. Mit jedem Level erhält der Spieler ein Gitter mit bunten Pinguinen, die Bauhüte, Pilotenmützen, Hasenohren und andere Kopfbedeckungen tragen. Außerdem erhält er sieben Felder in einer horizontalen Reihe unterhalb des Gitters. Er muss die Pinguine sorgfältig in 3er-Sets sortieren, je nach Farbe und Hutart.
In der Regel muss der Spieler nicht passende Pinguine auf die Felder verschieben, um an passende Pinguine zu gelangen, wodurch sich die verfügbaren Plätze schnell füllen können. Er verliert ein Minispiel und muss jedes Mal von vorne beginnen, wenn er alle Felder gefüllt hat, ohne ein Set zu bilden. Wenn sie ein Level beenden, erhalten sie Münzen und Hämmer und können dann Objekte auf den Inseln bauen.
UFO Puzzle stellt den Spieler vor viele Herausforderungen, darunter schlafende Pinguine in trüben Farben, versteckte Pinguin-Schneemenschen und geheimnisvolle Pinguin-Aufzugskästen. Der Spieler muss verschiedene Strategien anwenden, um die Übereinstimmungen aufzudecken. Er kann sich zum Beispiel die Farben der schlafenden Pinguine merken und dann die Anzahl der Züge berechnen, die nötig sind, um einen oder mehrere zu erreichen, um ein passendes Set zu vervollständigen.
Wie bei anderen 3-Gewinnt-Spielen gibt es auch hier Booster, darunter einen Rückwärtspfeil, der den letzten Zug rückgängig macht, verdrehte Doppelpfeile, die die Pinguine mischen, und einen Magneten, der automatisch ein passendes Set auswählt. Außerdem gibt es einen Booster mit drei Feldern, der einen temporären Platz schafft, um Räume freizumachen. Der Spieler kann mit Münzgewinnen weitere Booster kaufen oder sich Anzeigen ansehen. Sie können zusätzliche Münzen und Booster erhalten, wenn sie die Renovierung abschließen und an besonderen Ereignissen teilnehmen.
