Train 2048 ist ein Kombinationsspiel in der Tradition von 2048 mit einem Zugreisethema. Das Spiel beginnt in einer Wüstenlandschaft mit trockenen Felsformationen, Saguaro-Kakteen und Steppengras in der Nähe einer Eisenbahnstrecke und einer einfachen Dampflokomotive, die an Treibstoffwaggons, den so genannten Tendern, befestigt ist. Der Spieler muss bunte, nummerierte Blöcke auf den Waggons ablegen und zusammenfügen, um die Kohle zu erzeugen, die den Zug auf den Gleisen vorwärts bringt. Das Ziel ist es, jeden Ort zu erreichen, Münzen zu sammeln und zu verdienen und die höchstmögliche Punktzahl zu erreichen.
Solange der Spieler genügend Treibstoff herstellt, fährt der Zug auf der Schiene durch die ganze Welt und bringt ihn zu einer Vielzahl von Orten, darunter ein Dschungel und ein Flusstal. Sie erzeugen die Kohle, indem sie einfach mindestens zwei zusammenpassende Blöcke, die an benachbarten Positionen auf den Tendern liegen, zu Blöcken mit höherer Nummer zusammenfügen. Bei jeder Zusammenlegung lässt das Spiel Kohle in die Lokomotive fallen. Wenn sie es nicht schaffen, die Blöcke zu hoch zu stapeln, verlieren sie das Spiel. Sie erhalten dann Münzgewinne und müssen in der Wüste wieder von vorne beginnen.
Train 2048 unterstützt den Spieler mit zwei Boostern. Der Spieler kann einen roten Ballon wählen, der einen einzelnen Block vom Zug wegträgt oder eine schwarze, runde Bombe, die mehrere Blöcke zerstört. Braucht er mehr Booster, kann er seine Münzen in einem Gemischtwarenladen einsetzen.