Tales of Lagoona: Orphans of the Ocean ist ein zeitlich begrenztes Wimmelbildspiel, das ein Renovierungsthema hat. Die Meerjungfrau Islabelle braucht die Hilfe des Spielers, um das New Anemone Orphanage vor einem gierigen Bauunternehmer zu retten. Die einzige Möglichkeit, den Abriss des Gebäudes zu verhindern, besteht darin, es zu renovieren. Doch das Waisenhaus hat nicht viel Geld. Der Spieler muss Islabelle und ihren Schützlingen helfen, wertvolle Gegenstände zu finden, die sie im Laufe der Jahre gesammelt haben, um sie auf dem örtlichen Markt zu verkaufen.
Die Gegenstände befinden sich im Inneren des Waisenhauses und in geheimen Bereichen der Zimmer. Der Spieler muss Edelsteine sammeln, um neue Räume freizuschalten. Während der Suche verwendet er die Objektnamen auf den Tafeln unter einer Szene als Checkliste für die Gegenstände. Er muss alle Objekte finden, bevor die Zeit auf dem Timer oben rechts abläuft. Wenn der Spieler bereit ist, sich Werbung anzusehen, kann er bei jeder Anzeige über die Schaltfläche "Hinweis" drei Hinweise abrufen.
Tales of Lagoona erkennt die Leistungen des Spielers mit Trophäen an. Nachdem er wertvolle Gegenstände auf den Markt gebracht hat, erhält er mit jedem Verkauf Goldmünzen. Mit den Münzen bezahlt er Renovierungen, zu denen ihn das Spiel auffordert. Für jede Renovierung stehen drei Stiloptionen zur Verfügung, z. B. drei verschiedene Springbrunnen-Designs.