Super Stacker 3 ist ein Bauklotzspiel, das auf der beliebten Super Stacker-Serie basiert. Es verfügt über anthropomorphe Formen (lila Kästchen, gelbe Kreise und grüne Dreiecke), die der Spieler zusammen mit seinem Wissen über Bauklötze, Geometrie und Physik verwenden muss, um Konstruktionsaufgaben in 40 Levels zu erfüllen. Sie können einen Turm bauen, Beine für einen Riesen herstellen oder eine Struktur mit einer flachen Spitze entwerfen.
Der Spieler erhält in jedem Level eine bestimmte Anzahl verschiedener Formen, die er auf einer Leiste über dem Spielfeld überprüft. Um erfolgreich zu sein, muss er lediglich ein gestapeltes Bauwerk mit den Formen erschaffen, das die Herausforderung einigermaßen erfüllt und mindestens 10 Sekunden lang nicht umkippt. Scheitert der Spieler, zeigen die Formen negative Emotionen wie Wut, Besorgnis, Angst und Schock.
Super Stacker 3 ist fast identisch mit Super Stacker 2, außer dass es mehr als 40 neue Herausforderungen und Gestaltungsmöglichkeiten bietet. Es hat auch keinen Stapel-Editor, um neue Stapel zu entwerfen. Das Spielprinzip ist jedoch genau dasselbe. Der Spieler stapelt Formen in 10 Levels pro Modus in vier Modi, die vom einfachsten bis zum schwersten Modus geordnet sind. In dieser Version werden die Modi als "Packs" bezeichnet (Pack 1, Pack 2, Pack 3 und Pack 4). Wenn der Spieler alle Modi abschließt, kann er auch einen Bonusmodus spielen.