Super Stacker 2 ist ein unterhaltsames Bauklotzspiel, das Elemente der Geometrie und Physik enthält. Der Spieler muss anthropomorphe Formen in Form von lilafarbenen Kästchen, grünen Dreiecken und gelben Kreisen erfolgreich stapeln, so wie es die einzigartigen Design-Herausforderungen der einzelnen Level vorgeben. Der Spieler muss zum Beispiel einen Turm, einen Schulbus oder eine Pyramide bauen.
Der Spieler muss nicht perfekt sein, wenn er die Stapel erstellt. In einer Leiste über dem Spielfeld werden ihm die verbleibenden Formen angezeigt, mit denen er einen Stapel bauen kann. Um einen Stapel korrekt zu vervollständigen, müssen die Blöcke lediglich mindestens 10 Sekunden lang aufrecht stehen bleiben. Die Formen lächeln freudig, wenn der Spieler das Level gewinnt. Wenn eine der Figuren verängstigt oder verärgert wirkt und vom Stapel unter den unteren Rand des Bildschirms fällt, hat der Spieler verloren und muss von vorne beginnen.
Super Stacker 2 bietet dem Spieler vier Modi mit jeweils 10 Levels (Leichte Stapel, Mittlere Stapel, Knifflige Stapel und Schwere Stapel). Wenn der Spieler die Herausforderungen in allen 40 Levels in diesen Modi erfolgreich abschließt, erhält er Zugang zu einem speziellen Bonusmodus. Sie können auch ihre eigenen Stapel-Herausforderungsstufen mit einem speziellen Stapel-Editor erstellen und teilen.