Squirrel Bubble Shooter beginnt mit vielen verschiedenen Blasen in unterschiedlichen Farben am oberen Bildschirmrand. Der Spieler, der ein Eichhörnchen ist, befindet sich am unteren Rand des Bildschirms. Die Blasen sind manchmal mit anderen Blasen der gleichen Farbe verklumpt. Die Eichhörnchenfigur erhält eine Blase einer bestimmten Farbe. Sobald die Blasen zusammenstoßen, verschwinden alle Blasen, die sich berührt haben, und das Eichhörnchen muss die Blase in die Luft werfen. Wenn alle Blasen vom Bildschirm verschwunden sind, ist das Level beendet und der Spieler geht zum nächsten Level über. Für jedes Level erhält der Spieler Punkte, je nachdem, wie schnell er das Level geschafft hat. Damit die Blasen platzen, müssen sie mindestens drei andere Blasen der gleichen Farbe berühren. Wenn andere farbige Blasen an der Unterseite der geplatzten Blasen befestigt sind, fallen diese zusätzlichen Blasen auf den Boden des Levels und platzen. Das Eichhörnchen kann eine Blase dorthin werfen, wo es will. Es ist möglich, die Blase auf eine andere Blase zu werfen oder die Blase zuerst von der Wand abprallen zu lassen.
Das Spiel hat einen bunten Dschungel-Hintergrund, der von Dschungel-Musik begleitet wird. Das Spiel macht Spaß und hat ein hohes Spieltempo. Das Spiel belohnt die Spieler mit Punkten für schnelles Spiel, also musst du die Blasen so schnell wie möglich werfen, um das nächste Level zu erreichen.
