Sort Colored Balls Puzzle ist ein dreidimensionales Sortierspiel. Vor einem dunkelblauen Hintergrund mit Farbverlauf sortiert der Spieler eine Mischung aus farbigen Kugeln in Reagenzgläsern über mehrere Ebenen hinweg. Sein Hauptziel ist es, die Kugeln so anzuordnen, dass jedes Reagenzglas mit nur einer Farbe gefüllt ist. Weitere Ziele sind, Münzen und Sterne zu gewinnen und alle Level freizuschalten.
Der Spieler platziert eine oder mehrere farblich passende Kugeln auf identische Kugeln oder in leere Reagenzgläser. Anders als bei ähnlichen Spielen kann er einen Stapel farblich passender Kugeln in beliebiger Größe wählen. Das Spiel teilt den Stapel automatisch auf.
Wenn der Spieler zum Beispiel zwei blaue Kugeln auf einen leeren Platz über einem blauen Stapel legen möchte, auf dem genug Platz für beide ist, legt das Spiel automatisch den gesamten Stapel um. Reicht der Platz nur für eine Kugel, teilt es die Gruppe auf, indem es eine einzelne Kugel überträgt und die andere zurücklässt.
Sort Colored Balls Puzzle belohnt den Spieler mit den meisten Münzen und Sternen als Zeitbonus. Dazu muss der Spieler die Kugeln so schnell wie möglich innerhalb einer unbekannten durchschnittlichen Anzahl von Sekunden neu anordnen.
Das Spiel hilft dem Spieler mit drei Werkzeugen, schneller voranzukommen. Er kann eine Schaltfläche mit einem Fragezeichen (?) benutzen, um einen Hinweis zu erhalten. Er kann eine Schaltfläche mit einem Pluszeichen ( ) und einem Reagenzglas-Symbol verwenden, um einen leeren zusätzlichen Behälter zum Feld hinzuzufügen. Sie können eine Schaltfläche mit einem Rückwärtspfeil verwenden, um einen oder mehrere vorherige Züge rückgängig zu machen.