Shoot at the Bubbles ist ein Casual-Bubble-Popping-Spiel, das eine Mischung aus klassischer Neon-Arcade-Grafik und modernen Interface-Symbolen bietet. Der Spieler schießt Blasenprojektile auf passende Cluster in Reihen von hängenden, sich überlappenden Blasen, um eine hohe Punktzahl zu erreichen und so viele Level wie möglich freizuschalten.
Der Spieler beginnt mit 1.000 kostenlosen Münzen. Mit dem Shop-Symbol auf der rechten Seite des Bildschirms kann er spezielle Werkzeuge kaufen, die ihm helfen, länger zu spielen. Zum Beispiel kann er einen Tausch-Booster kaufen, der es ihm erlaubt, die Farbe des Projektils zu ändern, einen Multiplikator, der seine Punktzahl verdoppelt, wenn er aktiviert wird, und einen Reihen-Lösch-Booster, der eine ganze Reihe von Blasen entfernt.
Das Spielprinzip von Shoot at the Bubbles ist das gleiche wie bei anderen ähnlichen Spielen. Der Spieler erzeugt mit seinen Geschossen Gruppen von drei oder mehr zusammenhängenden, passenden Blasen. Allerdings lässt dieses Spiel nach jeweils 10 Schüssen eine neue Reihe von Blasen fallen, anstatt nach einer bestimmten Anzahl von Fehlschüssen. Die sich überlappenden Blasen sehen außerdem wie Fischschuppen aus, was es schwierig macht, Lücken und Stellen zu sehen, auf die man mit der Ziellinie und der Zielblase des Schützen zielen kann.