Seat Jam 3D ist ein Sortierspiel, bei dem der Spieler Strichmännchen-Passagiere in Zugwaggons über mehrere Level hinweg auf die richtigen Plätze sortieren muss. Der Spieler erhält eine begrenzte Anzahl von Schritten, um diese Aufgabe zu erfüllen, die oben auf dem Bildschirm unter der Levelnummer angezeigt wird. Wenn er erfolgreich ist, erhält er mehrere Möglichkeiten, Münzen zu sammeln, die er benötigt, um die Laufwege hinter den Passagieren in verschiedenen Farben und Formen zu aktualisieren.
Der Spieler erhält Zugang zu einer Draufsicht auf einen Zugwaggon mit grün gefärbten sitzenden und roten sitzenden und stehenden Passagieren. Er benutzt den Buchstaben und die Zahl auf den Köpfen der roten Passagiere und die Zahlen an den Waggonrändern, um jeden Passagier richtig zu platzieren.
Damit dieser Prozess funktioniert, muss der Spieler eventuell andere sitzende oder stehende Fahrgäste auf neue Positionen verschieben. Das Spiel bestätigt die korrekte Platzierung, indem es die roten Passagiere grün färbt. Möchte der Spieler spezielle Aktionen ausführen, wie z.B. die Positionen zweier Passagiere mit einem Schritt tauschen, kann er über Anzeigen am unteren Bildschirmrand auf Booster zugreifen.
Seat Jam 3D gibt dem Spieler am Ende eines jeden Levels drei geheimnisvolle Truhen und Münzgewinne. Der Spieler kann auch Münzen sammeln, indem er tägliche Boni annimmt.
Wenn es den Spieler nicht stört, Werbevideos anzuschauen, kann er eine Menge Extras sammeln, wie z.B. 2.000 kostenlose Münzen auf dem Startbildschirm, tägliche Aufgabenbelohnungen, die über das Quest-Symbol auf demselben Bildschirm zugänglich sind, Multiplikatoren aller Münzgewinne und sogar zusätzliche geheimnisvolle Truhen und spezielle Laufstrecken. Wenn ihnen die Schritte ausgehen, können sie ihr Spiel auch wieder aufnehmen, anstatt das Level mit einer Werbeansicht neu zu starten.
