PopCats: Merge the Cats! ist ein Fusionsspiel mit Suika-Mechanik. Der Spieler lässt die Köpfe von Katzen in einen Behälter fallen, um neue, größere Typen zu erschaffen, bis er den letzten Typ erreicht und eine hohe Punktzahl erreicht hat.
Das Spiel präsentiert dem Spieler die Katzenköpfe einen nach dem anderen, direkt über dem Behälter. Der Spieler kann nur zwei gleiche Köpfe zu einem neuen zusammenfügen. Um die Köpfe zielgenau abzuwerfen, benutzt er eine Ziellinie mit Pfotenabdrücken. Das Spiel liefert auch Informationen über jede neue Katzenart in Form von Porträts auf einer horizontalen Entwicklungsleiste unterhalb des Behälters. Nachdem der Spieler zwei der letzten Katzenköpfe erstellt hat, werden die Katzen zum Schluss zusammengeführt. Der Spieler verliert das Spiel, wenn er zulässt, dass sich die Katzenköpfe über eine horizontale Linie am oberen Rand des Containers hinaus stapeln.
PopCats: Merge the Cats! bietet mehrere nützliche Booster. Der Spieler kann jeden Katzenkopf aus dem Behälter mit dem Garnball-Symbol im oberen linken Bereich entfernen. Er kann das Fallenlassen eines Katzenkopfes mit dem Pappkarton-Symbol in der oberen rechten Ecke überspringen.
Der Spieler kann seine Punkte im oberen mittleren Bereich über dem Behälter im Auge behalten.