Mysterious Pirate Jewels 3 ist ein zeitgesteuertes 3-Gewinnt-Spiel im Verbindungsstil mit einem Gitter aus Sechsecken. In 45 Levels verbindet der Spieler Juwelen, auch Sechsecke genannt, in Gruppen, um farbige Hintergründe zu durchbrechen und zu entfernen. Ihr Hauptziel ist es, Standard- und Bonuspunkte durch Übereinstimmungen zu verdienen, bevor die Zeit abläuft, und alle Levels abzuschließen.
Anstatt eine begrenzte Anzahl von Verbindungslinien zu verwenden, verbindet der Spieler drei oder mehr übereinstimmende Juwelen mit farblich passenden Pfeilen in eine beliebige Richtung. Wenn der Spieler eine Übereinstimmung erzielt, lässt das Spiel die übereinstimmenden Felder in Funken verschwinden und füllt dann die leeren Felder auf dem Gitter mit neuen Feldern auf. Eine rosa Hintergrundfarbe wird sofort aus dem Raster entfernt. Bei jeder anderen Farbe, z. B. Blau, wird nur die oberste Farbe entfernt. Der Spieler muss ein weiteres Spiel durchführen, um das Rosa zu entfernen.
Mysteriöse Piratenjuwelen 3 lädt nach jedem Spiel mehrere Booster in der unteren rechten Ecke auf. Mit dem Zurück-Pfeil kann der Spieler seinen letzten Zug rückgängig machen. Mit der Zeit verwandelt sich dieselbe Taste in zwei Pfeile, die die Spielsteine mischen. Sie können auch einen Hammer auf das Gitter ziehen, um passende und nicht passende Juwelen freizugeben.
Während des Spiels füllt das Spiel auch Räume mit besonderen Gegenständen, darunter regenbogenfarbene ovale Felder, die wie Joker wirken und zu jedem Juwel passen, ein leuchtender heller ovaler Ball, der wie ein Blitz wirkt und alle Felder entfernt, die zu seiner Farbe passen, und eine Sanduhr, die mehr Zeit auf die Uhr bringt.
