Mushroom Blocks ist ein Blockpuzzlespiel mit Schiebeelementen wie Funkee Worms und Haru Panda Slide. In einem blauen Raum mit Pilztapete und blauen Leuchten, die zwischen geheimnisvollen Holztüren leuchten, versucht der Spieler, auf einem zweifarbigen grünen 8x10-Schachbrett mit verschieden großen und unterschiedlichen Arten von anthropomorphen Pilzen horizontale Linien im Tetris-Stil zu bilden. Ihr Hauptziel ist es, so viele Punkte und goldene Pilzmünzen wie möglich zu sammeln.
Um Linien zu bilden, muss der Spieler die Pilze nach links oder rechts schieben, um sie in die Lücken in den horizontalen Reihen fallen zu lassen. Mit jedem Zug schiebt das Spiel dann weitere Pilze von unten auf das Brett. Der Spieler darf nicht zulassen, dass sich die Pilze bis zum oberen Rand des Spielbretts stapeln. Wenn das passiert, muss er von vorne anfangen.
Mushroom Blocks bietet dem Spieler mehrere hilfreiche Werkzeuge, darunter eine Vorschau auf die nächste horizontale Reihe von Pilzen in einem schattierten Bereich unter dem Spielbrett und spezielle Pilzverstärker. Mit Hilfe der Vorschau können sie ihre nächsten Züge planen. Mit den Boostern können sie schneller und effizienter Reihen bilden. Sie können zum Beispiel einen Booster benutzen, um einen einzelnen Block zu zerstören, der im Weg steht, oder einen Pilz in zwei kleinere zu teilen.
Der Spieler kann Booster-Belohnungen kaufen oder gewinnen. Um Booster zu kaufen, muss er den Store-Button in der oberen rechten Ecke benutzen. Um Booster zu gewinnen, muss er Pilze, die in offenen Türen erscheinen, schnell genug auswählen, um Punkte zu sammeln, die einen Preiskorb aufladen. Mit Tickets können sie auch Türen in einem anderen Bereich öffnen.