Merge Flower ist ein lockeres Match-3- und Merge-Sortierspiel mit einem Karrieresimulationselement. Der Spieler arbeitet in einer Gärtnerei an einem Schalter im Freien. Seine Aufgabe ist es, Kunden mit bestimmten ganzen blühenden Pflanzen zu versorgen, indem er die Blüten nach Farbe und Art in der richtigen Reihenfolge sortiert.
Der Spieler erhält eine große Mischung von Blüten, die an einer grünen Wand in der unteren Hälfte des Bildschirms angebracht sind. Er muss seine Auswahl anhand der Blumensymbole treffen, die auf den Etiketten an der Seite der Töpfe der Kunden angezeigt werden. Wenn er die richtigen Blüten in einer Dreiergruppe pro Topf auswählt, verschmelzen die Blüten mit den grünen Stängeln und Blättern, Licht erfüllt den Bildschirm und Schmetterlinge erscheinen. Der Kunde reist dann mit seiner ganzen Pflanze ab. Der Spieler muss alle Blüten von der Wand entfernen, um in den nächsten Level zu gelangen. Während er neue Levels erkundet, schaltet er neue blühende Pflanzen frei.
Merge Flower stellt dem Spieler acht leere Felder über dem Auswahlbereich zur Verfügung, damit er einige unerwünschte Blumen entfernen kann, um die gewünschten freizulegen. Wenn dem Spieler der Platz ausgeht, kann er die werbeunterstützten Requisiten unter dem Bereich (d.h. Blumenblüten, eine Schachtel und eine Schere) zur Hilfe nehmen.
Allerdings muss der Spieler die Räume nicht ohne Plan nutzen. Er kann auch Schichten von versteckten Blüten im Schatten hinter den vorderen sehen, was bedeutet, dass er die vorderen Blüten strategisch auswählen kann, um die versteckten aufzudecken. Wenn ihm der Platz ausgeht, kann er sich ein Video ansehen, um einen leeren Topf zu öffnen und einige Blumen aus den Räumen zu entfernen.