Merge Army ist ein halblegales Kampfarena-Spiel, das Merge- und Clicker-Elemente enthält. Zwei Armeen, blau und rot, treffen auf einem schachbrettartigen Schlachtfeld aufeinander. Der Spieler ordnet die Kämpfer und Einheiten seiner Armee vor der Schlacht an, indem er zwei Kämpfer oder Einheiten desselben Typs auf Feldern kombiniert, um einen größeren, stärkeren Kämpfertyp und eine erweiterte Armee zu schaffen.
Der Spieler kann mit Zenturien, Rittern, Clowns, Riesen oder Katapulten und Schwertern, Speeren, Bomben und anderen Waffen kämpfen. Sobald er die Kämpfer und Einheiten zusammengestellt hat, braucht er nichts weiter zu tun. Die Armeen kämpfen, ohne dass man direkt eingreifen muss.
Der Spieler erhält Zugang zu einer Art von manuellem Angriff. Er kann alle paar Sekunden einen Feuerball auf den Feind werfen. Allerdings kann er nicht den genauen Ort jedes Treffers wählen.
Merge Army versorgt den Spieler mit Münzen als Gewinn und Einkommen. Mit dem Geld kann er das Spiel veranlassen, ihm nach dem Zufallsprinzip neue Kämpfer und Kräfte zur Verfügung zu stellen. Sie können ihr Geld auch erhöhen, indem sie Zugang zu hochstufigen Multiplikatoren erhalten, wenn sie Werbung sehen.