Mayan Marbles ist ein Bubble-Popping-Spiel, das in Gebieten spielt, die einst von der Maya-Zivilisation beherrscht wurden. An 25 Schauplätzen, darunter Dörfer, Tempel, Dschungel und Flusslandschaften, versucht der Spieler, die an einem zentralen Pfosten mit einer goldenen Maske befestigten Seifenblasenmurmeln zu entfernen, bevor ihm die Zeit davonläuft. Dabei versucht er, neben den normalen Punkten auch hohe Bonuspunkte zu sammeln.
Der Pfosten dreht sich in verschiedene Richtungen, wobei die Murmeln wie ein Rad an ihm befestigt sind. Der Spieler schießt mit einer stilisierten Metallpfeilspitze auf einer steinernen Plattform passende Murmelgeschosse auf das Muster. Er kann nur Gruppen von drei oder mehr passenden Murmeln abschießen. Gelingt dies nicht, wartet das Spiel, bis ein horizontaler roter Balken die Farbe verliert, und fügt dann weitere Blasen an das Rad an. Wenn sie erfolgreich sind, zerplatzen die Blasen und setzen farbigen Rauch frei, der dann verblasst.
Mayan Marbles zeigt die rote Strafleiste, das aktuelle Level und den aktuellen Punktestand des Spielers auf einer Holztafel an, die an einer Steinsäule rechts vom Spielfeld angebracht ist. In diesem Bereich wird auch der Timer angezeigt, der auf Null herunterzählt.
