Maya Bubbles ist ein Spiel mit 120 Levels, die sich über drei Scroll-Karten mit Dschungel und anderen Umgebungen erstrecken. Das Ziel des Spielers ist es, Blasenmurmeln aus schwebenden goldenen Schließfächern zu entfernen, eine hohe Punktzahl zu erreichen und jedes Level freizuschalten.
Der Spieler erfüllt diese Aufgaben, indem er eine Maske als Shooter benutzt. Er feuert passende Murmeln auf die Murmeln, die an den Schließfächern befestigt sind, um Gruppen von mindestens drei Murmeln der gleichen Art (d.h. Farbe und Muster) zu bilden. Die Maske enthält immer ein Projektil oben am Kopf und ein weiteres im Mund. Der Spieler kann die Projektile austauschen, wenn er ein Projektil mit einer Farbe benötigt, die besser zu den angebrachten Murmeln passt.
Anders als bei ähnlichen Spielen wird der Spieler bei Maya Bubbles nicht an die Zeit gebunden. Stattdessen wendet es 3-Gewinnt-Regeln an und beschränkt die Anzahl der Züge pro Level. Der Spieler verfolgt seine verbleibenden Züge auf der unteren linken Seite des Shooters. Wenn er ein Spiel durchführt, knallen die Murmeln energisch auf. Wenn er alle Murmeln abgeräumt hat, schwebt das Schließfach nach unten, öffnet sich und enthüllt den Schlüssel zum nächsten Level.
