Marble Puzzle Blast ist ein Blasenschießspiel im Flipper-Stil, bei dem die Blasen durch Murmeln ersetzt werden. Im Gegensatz zu klassischen Bubble Shootern, bei denen sich die Blasen oben auf dem Spielfeld reihen und ein Pfeil- oder Kanonen-Shooter zum Einsatz kommt, gibt es bei diesem Spiel eine kurvenreiche Strecke, auf der ein Zug aus bunten Murmeln zum Ausgang rollt, und einen regenbogenfarbenen Schmetterlings-Shooter.
Der Spieler entfernt Murmeln aus dem Zug, wenn das Projektil eine 3er-Linie vervollständigt. Zum Beispiel schießt der Spieler eine gelbe Murmel auf zwei oder mehr zusammenhängende Murmeln der gleichen Farbe und des gleichen Musters in der Mitte des Zuges. Die gelben Murmeln verschwinden und die übrig gebliebenen rollen auf der Schiene zurück.
Wenn die verbleibenden zwei Hälften eines Zuges wieder mit passenden Murmeln verbunden werden, verschwinden auch die passenden Murmeln von der Schiene. Nach drei aufeinanderfolgenden Selbstzerstörungsszenarien erhält der Spieler einen Booster, z.B. eine schwarze Bombe, die alle Murmeln in ihrem Radius zerstört, eine Regenbogenmurmel, die alle Murmeln der gleichen Farbe zerstört oder eine Feuermurmel, die alle Murmeln, die sie berührt, vernichtet.
Mit Marble Puzzle Blast kann der Spieler auch spezielle Murmeln abschießen, die Booster enthalten, wie z.B. eine Rakete, die zufällige Murmeln zerstört, eine Pausentaste, die den Zug anhält und einen Rückwärtspfeil, der die Bewegung des Zuges umkehrt. Sie können auch ein tägliches Geschenk, kostenlose Starts, Extrapunkte für das Abschießen von Beutetaschen und Münzen zum Kauf von Boostern erhalten.