Marble Merge ist ein zeitlich begrenztes Spiel, das Blasen-Shooter- und Evolutionsmechanismen beinhaltet. Das Ziel des Spielers in den 10 Levels ist es, Paare von farblich passenden, marmorähnlichen Blasen zu verschmelzen, um neue Blasen in einer Evolutionslinie zu schaffen und die höchstmögliche Punktzahl zu erreichen, bevor die Zeit abläuft.
In verschiedenen Umgebungen bei Tag und bei Nacht, darunter eine Wüste, ein Dschungel, eine Unterwasserregion und ein Vulkangebiet, führt der Spieler Verschmelzungen mit einem verschnörkelten goldenen Zwei-Projektil-Shooter durch, der in der Mitte zweier Ringe positioniert ist. Die Farben der Projektile beginnen an einem Ende des Regenbogenspektrums und entwickeln sich zu schwarzen und dann zu glänzenden, gemischtfarbigen Glasmurmeln.
Wenn der Spieler zwei gleichfarbige Projektilkugeln an benachbarten Stellen des äußeren Rings platziert, rollen die Kugeln aufeinander zu und verschmelzen zu einer neuen farbigen Murmel. Wenn der Spieler eine passende oder nicht passende Kugel trifft, platzen die Kugeln und verschwinden aus dem Ring.
Marble Merge zeigt die Levelnummer, den aktuellen Punktestand und einen Countdown-Timer auf der rechten Seite des Bildschirms an. Unter dem Ringfeld wird ein horizontaler Entwicklungsbalken mit den Zielen für das Zusammenführen von Kugeln angezeigt. Wenn der Spieler eine neue Blase erzeugt, blinkt die passende farbige Blase auf der Leiste.
Wenn der Spieler den Prozess schnell abschließt, erhält er einen Bonus. Im Laufe der Zeit kann er seine tägliche, wöchentliche, monatliche und Gesamtpunktzahl über eine Rangliste auf dem Startbildschirm verfolgen.
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