Marble Bubble Legend ist ein Mischspiel mit Suika-Gameplay und Zuma-Design-Elementen. Auf einem grasbewachsenen mesoamerikanischen Ballspielfeld mit steinernen Seitenwänden benutzt der Spieler einen Frosch-Shooter, ähnlich dem in Zuma-Spielen, um immer größere Murmeln am anderen Ende des Feldes zu erzeugen. Außerdem versucht er, eine hohe Punktzahl und eine Sternenwährung zu erreichen.
Der Frosch-Shooter hat ein Hauptmurmeln-Projektil in seinem Mund und ein zweites auf seinem Rücken. Der Spieler erhält eine gestrichelte Ziellinie, mit der er bestimmte Punkte am anderen Ende des Spielfeldes anvisieren kann. Die Blase im Titel des Spiels bezieht sich darauf, dass die Murmelbälle aufgrund des vertikalen Bildschirmlayouts wie schwebende Blasen nach oben rollen.
Der Spieler kann die Murmeln überall auf dem Spielfeld abschießen, aber er kann immer nur zwei identische Blasen auf einmal zusammenführen. Wenn er zulässt, dass sich nicht passende Blasen aneinanderreihen und die Teile den unteren Rand des Bildschirms erreichen, hat er verloren und muss von vorne anfangen.
Marble Bubble Legend bietet mehrere Hilfsmittel, um den Spieler vor einem Verlust zu schützen. Wenn der Spieler gewillt ist, Werbung zu sehen, kann er die untere linke Schaltfläche mit der Aufschrift AD verwenden, um die größte Murmel zu entfernen, die neue Zusammenschlüsse verhindert. Außerdem kann er die Murmeln mit der Schaltfläche unten rechts schütteln, um sie in eine neue Position zu bringen, und mit der Regenbogenwirbel-Multiball-Schaltfläche kann er eine bestimmte Murmel sofort zusammenführen und weiterentwickeln. Den Zugang zu den beiden letztgenannten Schaltflächen kann man sich mit Sternen erkaufen, die man durch den Besuch des Spielshops und das Ansehen von Werbevideos verdient.
