Magic School Merge ist ein Crafting-Merge-Spiel ähnlich wie Merge Harvest und Mergest Kingdom. Der Spieler hilft einer Hexe namens Eveline und ihrer Eulen-Vertrauten Vivienne, eine Zauberschule von Grund auf aufzubauen.
In einer magischen Landschaft mit einem zweifarbigen grünen Schachbrettmuster und nebelverhangenen Bereichen fusioniert der Spieler drei oder mehr gleiche Gegenstände, um neue Charaktere freizuschalten und alles zu erschaffen, was für den Bau der besten Zauberschule aller Zeiten benötigt wird. Sie können zum Beispiel einen Gegenstand herstellen, der sich mit nichts verbinden lässt. Stattdessen lädt er sich eine Zeit lang wie eine Batterie auf und produziert dann wichtige Gegenstände.
Viele Gegenstände verschmelzen im Spiel. Zum Beispiel kann der Spieler Weizensprossen zu Halmen verschmelzen, die er schließlich erntet und in Mehl und Schokokekse verwandelt. Um Münzen und magische Schlüssel zu verdienen, die den Nebel vertreiben und neue Gebiete öffnen, füttern sie Vivienne mit den Keksen und bereiten Bestellungen vor. Außerdem verschmelzen sie spezielle Pilze, um Gnomenarbeiter zu erschaffen.
Magic School Merge zeigt die verfügbare Anzahl von Schlüsseln, Münzen und einer weiteren Währung, Edelsteinen, oben in der Mitte des Bildschirms an. Der Spieler kann auch zusätzliche Münzen erhalten, indem er eine Taschenuhr im unteren linken Bereich benutzt, nachdem er bestimmte Aufgaben erfüllt hat, und über Geschenkboxen, die er mit einem Buch im unteren rechten Bereich erreicht.