Jewel Garden Story ist ein Match-3-Spiel mit dem Thema Gartenrenovierung. Auf einem gewundenen Pfad aus Trittsteinen absolviert der Spieler 3-Gewinnt-Spiele in unzähligen Levels in Gärten. Nach jedem Erfolg erscheinen neue Blumen und andere Gegenstände in der Nähe des nächsten Gartens, darunter Blumenkästen, blühende Sträucher, Topfpflanzen, Schubkarren und Holzbänke.
Die Juwelen im Spiel sind verschiedene Formen, die aus Edelsteinen oder Muscheln bestehen. Zu den Formen gehören ein weißer Halbmond, eine goldene Krone, eine blaue, zweifarbige, blau gestreifte runde Perle und ein grünes Blatt. Der Spieler erfüllt Aufgaben, indem er drei oder mehr passende Formen in einer Spalte oder Reihe anordnet. Eine Aufgabe kann darin bestehen, eine bestimmte Anzahl bestimmter Juwelen oder in der Nähe befindlicher Gegenstände wie Torten, Grasflecken oder Geschenkboxen zu sammeln.
Der Spieler kann auch nützliche Booster erstellen, die nicht übereinstimmende Juwelen mit einem einzigen Zug entfernen, indem er vier oder mehr Juwelen auf einmal kombiniert. So kann er zum Beispiel eine Vielzahl von Raketen und Bomben herstellen. Sie können auch Booster kaufen und gewinnen.
In Jewel Garden Story erhält der Spieler täglich zusätzliche kostenlose Münzen. Außerdem können sie über das Glücksrad des Gartens Geld- und Boosterpreise gewinnen. Am Ende eines Spiels können sie ihre Gewinne mit einer Werbeanzeige vervielfachen. Schließlich bietet das Spiel Zeitangriff-Bonusspiele und -Gewinne.