Jello Bubbles ist ein Spiel, bei dem Blasen zerplatzen. Überall auf der Welt hat jemand berühmte Wahrzeichen mit riesigen Wackelpuddingbomben angegriffen, die alle mit Gelatine bedeckt sind. Um in dieser Krise zu helfen, hilft der Spieler einer jungen Frau, die mit Wackelpudding gefüllte Kugeln, die an Stangen hängen, mit Hilfe von 3-Gewinnt-Manövern zum Platzen bringen muss.
Das Hauptziel des Spielers ist es, Aufgaben zu erfüllen. Zum Beispiel muss er alle Blasen vom Spielfeld entfernen oder kleine Vögel befreien, die in Blasen gefangen sind. Außerdem versucht er, die höchste Punktzahl und drei Sterne pro Level zu erreichen.
Das Spiel verfügt über eine Seifenblasen-Wurfmaschine, die sich vor jeder Landmarke unterhalb der hängenden Seifenblasen befindet. Die Maschine fasst jeweils zwei Seifenblasengeschosse. Der Spieler verwendet eine gepunktete Ziellinie, um ein Projektil auf zwei oder mehr passende, zusammenhängende hängende Blasen zu richten, um den Cluster zum Platzen zu bringen. Andernfalls zielt er auf eine passende Blase, um sich auf einen späteren Schuss vorzubereiten.
Jello Bubbles bietet auch Booster-Spiel. Mit der Zeit laden die Aktionen des Spielers einen glitzernden Blasenball auf der rechten Seite des Bildschirms auf. Nachdem sich die Kugel gefüllt hat, schießt der Spieler mit ihr einen Haufen gemischter Blasen mit explosiver Kraft ab. Im Laufe des Spiels kann der Spieler auch Superball-Booster unterhalb des Spielfelds freischalten. Sie können zum Beispiel eine Bombe freischalten und verwenden, die eine horizontale Reihe gemischter Blasen beseitigt.