Holeminator ist ein dreidimensionales, hyperaktuelles Spiel mit Ball-, Ziegelbrecher- und Läuferelementen. Der Spieler muss verhindern, dass eine Kugel, die automatisch auf einer Bahn rollt, gegen Ziegelsteine prallt. Mit Hilfe eines magischen Lochs, das sich in einiger Entfernung vor der Kugel befindet, kann er Blöcke und andere Objekte, die sich der Kugel in den Weg stellen, wegziehen und beseitigen.
Der Spieler kann die Position der Kugel nicht verändern. Daher muss er sich strategisch überlegen, wie er das Loch verschieben kann, um eine Öffnung zu schaffen, durch die die Kugel die Bahn hinunterrollen kann. In einigen Levels drehen sich die Objekte oder rollen herum, oder die Kraft der Wirbel des Lochs zieht Objekte in die Bahn, ohne sie zu beseitigen, was es für den Spieler noch schwieriger macht, den besten Weg zu berechnen, um das Loch zu bewegen. Wenn die Kugeln abstürzen, zerspringen sie in Stücke. Allerdings macht es das Spiel dem Loch auch leichter, Objekte zu eliminieren, indem es größer wird, je mehr Objekte hineinfallen.
Wenn der Spieler ein Level erfolgreich abschließt, erhält er mehrere tausend Punkte, die durch Diamanten dargestellt werden. Mit diesen Diamanten kann er das Aussehen des Balls und des Lochs in einer Vielzahl von lustigen, gemusterten Designs aufwerten.