Hexa Sort Master ist ein Logik-Puzzlespiel im Block-Stil, bei dem es darum geht, in verschiedenen Levels Sortieraufgaben zu lösen. Vor einem Hintergrund mit blauem Farbverlauf sortiert der Spieler Stapel von verschiedenfarbigen sechseckigen Steinen auf Gittern aus grauen Pflastersteinen, die in verschiedenen Mustern angeordnet sind. Ihr Ziel ist es, Punkteaufgaben zu erfüllen, Münzen zu verdienen und Quests zu beenden.
Das Spiel erfordert, dass der Spieler jeweils drei Stapel anhand der Farbe und eines aufgedruckten Symbols auf der Oberseite jedes Plättchens sortiert. Zu den Symbolen gehören Wolken, Tröpfchen, Flammen, Schlüssel, Totenköpfe, Sterne und Schwerter. Der Spieler kann nur leere Pflastersteine zum Sortieren verwenden. Er erhält Punkte, wenn er die Plättchen erfolgreich in ausreichend hohe Stapel sortiert hat.
Der Spieler sortiert, indem er einen Stapel auf ein leeres Pflasterfeld schiebt und dann einen anderen Stapel mit einer passenden Farbe und einem passenden Symbol daneben legt. Das Spiel kippt automatisch den passenden Teil des ersten Stapels auf den zweiten. Wenn farbige Plättchen im unteren, nicht abgedeckten Teil des Stapels zu benachbarten Stapeln passen, werden auch diese Plättchen automatisch in eine neue Position gedreht.
Geht dem Spieler der Platz aus, hat er mit Hexa Sort Master die Möglichkeit, Stapel zu entfernen, neu zu positionieren und zu mischen. Mit ihren Münzgewinnen können sie mit der Zeit weitere Booster kaufen.
Am Ende eines Levels kann der Spieler ein Werbevideo ansehen, um zusätzliche Münzen zu erhalten. Außerdem erhält er Münzen, Herzleben, unendliche Herzleben oder Booster über tägliche Geschenke, wenn er ein Kalendersymbol auf dem Startbildschirm benutzt. Wenn sie bestimmte Ziele erreichen, erhalten sie zusätzliche Belohnungen auf dem Quest-Popup, das über ein Scroll-Symbol auf demselben Bildschirm zugänglich ist.