Hexa Sort 3D ist ein Block-Logik-Puzzlespiel, das einzigartige dreidimensionale Renovierungselemente aufweist. In den Levels sortiert der Spieler Stapel von sechseckigen Steinen, die im Spiel als Decks bezeichnet werden, auf einem grauen Pflastergitter vor einem hellen, himmelblauen Hintergrund. Das ultimative Ziel ist es, genügend farbige Scherben zu sammeln, um den dunkelgrauen dreidimensionalen Strukturen auf dem Startbildschirm Farben hinzuzufügen. Ihr sekundäres Ziel ist es, Münzen, Energieherzen und Prop-Booster zu verdienen, die das Weiterspielen ermöglichen.
Die Strukturen drehen sich auf hellbraunen Plattformen. Jedes von ihnen repräsentiert eine Sammlung historischer Wahrzeichen in Indien, Frankreich, Großbritannien und Amerika. Der Startbildschirm bietet außerdem zusätzlichen Spielspaß mit einem rosa Sparschwein, einem Drehrad und Geschenken.
Der Spieler kann keine farbigen Scherben für die Bauwerke freischalten, ohne die Stapel in jedem Level zu sortieren. Sie müssen mit Sets von jeweils drei Decks arbeiten. Sie beginnen, indem sie einfach einen Stapel auf ein leeres Pflaster neben einen anderen Stapel mit farblich passenden Plättchen schieben. Das Spiel dreht dann automatisch einen kurzen Stapel farbiger Plättchen auf die angrenzenden passenden Plättchen um. Es dreht auch alle nicht abgedeckten Plättchen um, die zu benachbarten Plättchen passen.
Bei Hexa Sort 3D kann der Spieler die Stapel mit Hilfe von Verstärkern entfernen, mischen und neu anordnen, um Platz auf einem Gitter zu schaffen. Durch das Ansehen von Videos können sie Booster, Pflastersteine und Gewinne verdienen.