Hexa Master 3D: Sort Puzzle ist ein Sortierspiel mit einer Baukomponente. Der Spieler baut schöne Szenen auf schwebenden kleinen Inseln mit bunten sechseckigen Holzplättchen, die Hexas genannt werden und die er durch Sortieraktionen sammelt. Die Spieler ordnen Stapel von farblich gemischten Spielsteinen auf einem Raster neu an, um neue Stapel zu bilden, die farblich passende Spielsteine enthalten.
Der Spieler erhält jeweils einen Satz von drei Stapeln. Er legt die Spielsteine so auf die Felder des Gitters, dass die obersten Steine automatisch auf die farblich passenden Steine am oberen Ende der benachbarten Stapel fallen. Der Spieler legt so lange Stapel an, bis er genug Steine gesammelt hat. Dies wird durch ein Ziel bestimmt, das im oberen linken Bereich neben einem regenbogenfarbigen Stein angezeigt wird.
Hexa Master 3D: Sort Puzzle bietet vier Booster. Der Spieler kann einen Hammer benutzen, um einen beliebigen Stapel zu entfernen, einen Handschuh, um zwei Stapel zu tauschen, Doppelpfeile, um nicht platzierte Stapel mit neuen zu mischen, und eine Bombe, um sowohl einen ausgewählten Stapel als auch andere in einem Radius um ihn herum zu entfernen. Sie können auch weitere Räume mit Anzeigen öffnen.
Die Baukomponente beinhaltet keine Zusammenschlüsse in einem Crafting-Szenario. Stattdessen verwendet der Spieler die gesammelten Plättchen, um die schwimmenden Inselrückzugsorte automatisch zu bauen. Zum Zeitpunkt des Verfassens dieses Artikels umfassen die Rückzugsorte den königlichen Pavillon, den Zen-Garten, das Blumenfeld, die Sakura-Hütte und das Pilzhaus. Die Entwickler des Spiels fügen von Zeit zu Zeit neue hinzu.
Das Spiel ermöglicht es dem Spieler auch, mit Münzen zufällig neue Hintergründe freizuschalten. Sie verdienen zusätzliche Münzen, indem sie sich Anzeigen ansehen und tägliche Belohnungen, Aufgaben, Erfolge und Schatztruhen sammeln.
