Hex Aquatic Kraken ist ein Match-3-Puzzlespiel im Connect-Stil, bei dem Sechseckformen und Unterwasserbilder für die Spielbretter und -kacheln verwendet werden, anstatt Blasen, Holzblöcke, Edelsteine oder andere Objekte und Themen. Wie bei ähnlichen Spielen wird der Spieler mit einer bestimmten Anzahl und Art von Aufgaben pro Level herausgefordert.
Um zum jeweils nächsten Level zu gelangen, muss der Spieler die Aufgabe(n) erfüllen, indem er drei übereinstimmende Unterwasserelemente verbindet, um die Kacheln vom sechseckigen Spielbrett zu entfernen. Sie müssen nicht alle Steine vom Brett entfernen. Er muss zum Beispiel eine bestimmte Anzahl von Punkten oder Tieren erreichen oder den Kraken besiegen, bevor die Zeit abläuft.
Wenn der Spieler eine oder mehrere Aufgaben in Hex Aquatic Kraken erfüllt hat, entfernt das Spielbrett automatisch die restlichen Steine. Das Spiel vergibt dann Punkte und bis zu drei Sterne je nach Leistung des Spielers.
Das Spiel bietet dem Spieler viele Tipps für den Erfolg. Es zeigt visuelle Anleitungen für bestimmte Züge an. Wenn der Spieler zum Beispiel fünf oder mehr zusammenhängende, passende Steine entfernt, nimmt das Spiel eine ganze Reihe heraus. Das Entfernen von sechs Steinen führt dazu, dass ein großer Teil der Steine verschwindet. Wenn mehr als sechs Steine miteinander verbunden werden, kann das Spiel alle Steine nach Farbe und Bild oder das gesamte Spielfeld entfernen.